糞腸球菌、屎腸球菌變異大，易成壞菌
由於腸球菌體積小，且容易培養，故通常菌種數可以拉到很高，甚至達千億菌株數，易於製成高單位菌粉，快速改善菌相失衡的腸道症狀。而在臺灣，因為腸球菌易培養且菌數高，常被填充於各種益生菌製品，以提升產品的總菌數，所以在高菌數益生菌製品，往往能發現腸球菌的蹤跡。
然而，糞腸球菌和屎腸球菌的穩定性不如乳酸菌、比菲德式菌等，而且具有轉移性基因，擔心會被外在細菌污染，並且污染其他菌株，很可能讓其他微生物對抗生素產生抗藥性
在無法排除腸球菌抗藥基因的潛在風險下，世界衛生組織(WHO)在2002年提出報告不建議腸球菌作為益生菌提供給人類使用。
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